A finales del año 2013, el Grupo KEPLER cerrará un ciclo de cinco años de interiorización de la innovación en la empresa, objetivo clave de su plan estratégico. En este periodo el Grupo ha invertido el 10,40% de sus ingresos en proyectos de I+D, situándose con estas inversiones en porcentajes muy por encima de la media nacional de inversión de las empresas en I+D.  Todos estos proyectos están dedicados a la biotecnología aplicada en los campos de la recuperación de daños al Medio Ambiente (descontaminación de suelos y aguas) y de la Bioenergía (Biogás).

Entre otros logros, cabe destacar que, tras las investigaciones llevadas a cabo por el Grupo KEPLER, han podido utilizarse, por primera vez, microorganismos capaces de degradar un aditivo muy común presente en los hidrocarburos ligeros como las gasolinas, el Etil Ter-Butil Éter (ETBE). Estos microorganismos han sido utilizados para la descontaminación de un acuífero contaminado con esa substancia. También el desarrollo de un nuevo ensayo para la determinación del potencial de biogás de residuos agropecuarios ha sido aplicado con éxito en residuos del Reino Unido. El equipo multidisciplinar de profesionales de la empresa se compone en un 80% de personas con formación universitaria y postgrados.